Дженнифер Гарнер родилась 17 апреля 1972 года в Хьюстоне (Техас), США. В семье кроме нее было еще две девочки – старшая сестра Мелисса и младшая Сюзанна. Когда Дженнифер было 3 года, отец семейства Билл получил работу инженера по химии в другом штате и семье пришлось переехать г. Чарльзстон, Вирджиния. И несмотря на то, что Чарльзстон являлся столицей штата, этот городок с населением в несколько десятков тысяч человек никак нельзя было назвать центром вселенной.
Творческие способности у Дженнифер обнаружились еще в школе, когда она победила на конкурсе талантов. Однако девочка все время чувствовала себя в тени своей старшей сестры Мелиссы – та была главой своего класса, преуспевала в математике, игре на пианино и пользовалась популярностью среди сверстников. Несмотря на то, что все 3 сестры учились играть на пианино и занимались балетом, Дженнифер старалась во что бы то ни стало выделяться и быть лучше Мелиссы и Сюзанны. Учась в последних классах, Дженнифер была членом команды по плаванию и обучалась игре на саксофоне. Ее коньком были танцы. Когда Мелисса забросила занятия танцами, Дженнифер наоборот начала активно ими увлекаться, так это был ее шанс обогнать свою сестру хотя бы на этом поприще – она занималась танцами на протяжении 9 лет.
Как вспоминает сама актриса, в подростковом возрасте она была «милой недотрогой». Носила толстенные очки, работала в магазине мужской одежды, в колледже не пила и не увлекалась наркотиками. В ее семье были довольно консервативные правила – девочкам запрещали пользоваться косметикой, красить ногти и даже прокалывать уши.