Бенджамин Гиза Аффлек (или Эффлек) родился 15 августа 1972 года в г. Беркли, Калифорния, США. Его отец - Тим Аффлек, в молодости также пытавшийся стать актером, но забросивший это дело, работал медиком, а мать - Кристин - педагогом и надеялась, что и сын пойдет по ее стопам.
Когда Бену было около 7 лет, Кристин через одного из своих знакомых устроила его на небольшую роль в телесериале, который назывался "Путешествие Мими" /The Voyage of the Mimi, 1984/. Примерно в том же году Аффлек познакомился с Мэттом Деймоном, ставшим впоследствии его лучшим другом и коллегой.
В подростковом возрасте ребята вместе решили податься в актеры, вместе ходили на кинопробы, вместе крутились в массовках фильмов, надеясь на что-то большее, но все безуспешно. И хотя однажды они все-таки сыграли в картине "School Ties", особого удовлетворения им эта работа не принесла. Потом ненадолго их пути разошлись - Деймон поступил в Гарвард, а Аффлек, поступивший было в университет Вермонта, бросил учебу и отправился в Голливуд.