«1.15 Nicodemus»:
Служащий из ЛютерКорп пытается сбить машину Джонатана на дороге, но он сам попадает в аварию. Джонатан пытается ему помочь, когда неизвестный цветок выпрыскивает ему в лицо, какие то струи. После этого, поведения Джонатана резко изменяется, он собирается застрелить банковского служащего, и если бы не Кларк, то он бы так и сделал. Сразу же Джонатан впадает в кому. Хлоя и Лана исследует место аварии, Лана находит цветок, и становиться одной из зараженных. Она начинает вести себя необузданно. Ученый Хамильтон нанятый Лексом, изучал цветок Никодемус, который вызвал эпидемию лихорадки около 100 лет тому назад. Хлоя и Пит понимают это взаимосвязь, и отправляются в лабораторию, но Пит тоже становится зараженным. Он пытается убить Лекса в порыве агрессии. Хамильтон находит в старом дневнике противоядие. К счастью, что все выздоравливающие не помнят о своем поведении. Лекс обманывает Кларка, в отношении Хамильтона, он переправляет Хамильтона в другое место, чтобы тот продолжал вести исследования.
«1.21 Tempest»:
Будущий «Человек из Стали» получает приглашение стать членом школьной футбольной команды, после того как на глазах у тренера он совершает свой «коронный» бросок. Тем не менее, Джонатан, отец Кларка, отказывается подписать разрешение на участие сына в игре, опасаясь того, что он может во время матча случайно покалечить товарищей или неожиданно обнаружить свою тайную силу. Решив, во что бы то ни было, стать участником команды, сын игнорирует все запреты отца и просит маму подписать родительское разрешение. Кларк и Хлоя идут на праздник вместе.
«2.04 Red»:
Кларк попадает под действие красного криптонита. Его личность начинает изменятся после того, как он купил кольцо в школе. В кольце вместо драгоценного камня был красный криптонит, который разрушал все этические барьеры Кларка. Обычно почтительный Кларк начинает хамить свои друзьям и родителям. Ситуация накаляется до предела, когда бездушный Кларк во время драки ударяет своего отца об грузовик. Тем временем, новая студентка смолвильской школы вынуждена скрываться от полицейского, который хочет её убить.

«2.23 Exodus»:
Предчувствие чего-то очень страшного витает в воздухе Смолвиля, в то время как Кларк должен принять очень важное решение, которое изменит всю его жизнь. Он должен решить: остаться ли ему с Ланой и своей семьёй или выполнить своё предназначение и править Землёй. Тем временем, Лекс и Хэлен планируют свою свадьбу, но неизвестная сила пытается им помешать. А также, обиженная (в предыдущем эпизоде) Хлоя принимает предложение Лайнела Лютера провести полномасштабное расследование жизни Кларка Кента.
«3.01 Exile»:
Эпизод «3.01 Exile» продолжает динамичное развитие сюжета прошлого сезона. Проживая в Метрополе, Кларк находится под воздействием красного криптонита. Там же судьба его сводит с криминальным авторитетом по имени Морган Эдж. Он предлагает Кенту работу: тот должен проникнуть в здание ЛютерКорп и совершить что-то очень неприятное для Лайонелла. В это время, уже отчаявшись собрать свою семью под одной крышей, Джонатан принимает решительные меры, чтобы вернуть Кларка домой. Лайонел Лутор же, не мудрствуя лукаво, прямо обвиняет Хэлен в том, что это она убила его сына.
«3.06 Relic»:
Кларк узнает, что Джор-Эл, его отец, был на Земле сорок лет тому назад. Родной брат деда Ланы (приглашённый актёр Том Хитон), обвиненный сорок лет назад в убийстве своей жены, показывает Лане фотографию человека, которого он подозревает в совершенном преступлении. Лану поражает то, что этот малый как две капли воды похож на Кларка. Убежденный, что этот человек - Джор-Эл, Кларк Кент начинает поиски, которые приводят его к криптонианскому медальону, позволившему ему по крупицам восстановить вехи прошлого и секрет породившей его жизни. Ведь жизнь на Земле для Джор-Эла началась задолго до того как Кларк появился здесь ...

«3.22 Covenant»:
Таинственная криптонианка приходит, чтобы забрать Кларка домой! С Кларком знакомится прекрасная девушка по имени Кэра, обладающая суперсилой. Она говорит ему, что прибыла с Криптона, чтобы предрешить его судьбу. Пораженный этим заявлением, Кларк просит совета у родителей, но неумолимая Кэра вынуждает Джонатана полностью раскрыть тайну роковой сделки с Джор-Элом. После всего случившегося наш герой делает открытие, которое полностью меняет его отношение к Лексу, своему лучшему другу, и в этой же серии Кларк полностью разрывает отношения с Ланой.