Родилась 31 марта 1972 года в Кемерово.
По окончании школы в 1988 году поступила на факультет прикладной математики и кибернетики в ТГУ. Во время учёбы в институте увлеклась театром. Выступала в театре эстрадных миниатюр (СТЭМ) "Эстутс". Поступила во ВГИК (мастерская Анатолия Ромашина) и закончила его в 2000 году.

С 2008 года — актриса театра "Современник".
Дебютировала в роли Маши в спектакле «Три сестры».

Была замужем за телережиссёром Виталием Бабенко. Имеет сына Никиту.

Осенью 2008 года Алёна Бабенко приняла участие в телепроекте "Ледниковый период-2" на Первом канале, где она блестяще продемонстрировала мастерство фигурного катания в паре с Романом Костомаровым.
Весной 2009 года участвовала в продолжении телепроекта "Ледниковый период: Глобальное потепление".

Из интервью журналу "Эгоист" (2006 год):
"Я уже взрослой поступила во ВГИК, это был второй институт после Томского государственного университета (факультет прикладной математики и кибернетики), и вдруг увидела, что такое действительно актёрская профессия. Когда с 9 утра до 12 ночи тебя просто нет, и потом ты приходишь домой, и голова у тебя не остывает, и потом тебе надо собраться на завтра, и в 8 утра уже выйти из дома. И так круглые сутки, круглые сутки. Меня всегда удивляло, почему у артистов такие сложные судьбы, почему они такие одинокие, семей нет, детей нет, всё время страдают — какая-то катастрофа. Так профессия или семья? Я очень боялась, чтобы не произошло замещение, чтобы профессия не вытолкнула мою человеческую жизнь. Как бы все не перепуталось.
Две дороги
Тогда я нарисовала в уме две дороги, как две линии на руке. Есть линия жизни, а рядом параллельная, сопутствующая линия. Так вот линия жизни — это моя жизнь с родными и близкими, друзьями и параллельная (она тоже бывает очень яркая и, как говорят хироманты, поддерживает линию жизни) — это моя профессия. И она должна помогать мне и никак не сбивать с линии жизни. Чтобы профессия помогала, ей надо уделять много времени и сил. Я построила себе модель жизни в профессии: рваться к карьере не буду, но то, что я смогу, то, что я чувствую внутри, что понимаю сердцем и головой, что будет соответствовать моим представлениям о себе в профессии — постараюсь сделать."